Hoạt động của bảo tàng tập trung vào việc thu thập, lưu trữ và giới thiệu lịch sử của Bratislava. Các bộ sưu tập của bảo tàng bao gồm các phát hiện khảo cổ học, các di tích về nghề thủ công mỹ nghệ và công nghiệp, nghề trồng nho, đời sống văn hóa - xã hội, dân tộc học, lịch sử dược và hóa tệ học. Bảo tàng đã cho ra mắt 9 cuộc triển lãm thường trực, phần lớn trong số đó được trưng bày ở trụ sở chính. Nhiều cuộc triển lãm cá nhân cũng được tổ chức ở bảo tàng, những cuộc triển lãm này chủ yếu diễn ra trong các tòa nhà lịch sử được xếp hạng và có giá trị về mặt kiến trúc.